《上海交通大学学报(医学版)》(原《上海第二医科大学学报》)为医药卫生类综合性学术期刊，由上海交通大学主办，创刊于1958年，月刊，每月28日出版，国内外公开发行，其所有文章一经刊出均对读者免费开放。本刊以引导科技发展，培养学术人才，增进学术交流为办刊宗旨。刊登医学基础、临床、公共卫生等领域所取得的新成果、新理论、新技术、新经验；设有论著、综述、专题、专家论坛、述评、短篇论著、技术与方法、病例报告等栏目。本刊的目标读者是从事临床医学、基础医学、公共卫生、护理学、药学等专业的技术人员，包括临床医师、科研学者、教学工作者、医学在校生及相关人士。
《上海交通大学学报(医学版)》的主办单位上海交通大学拥有中国顶尖的医学院，师资力量雄厚，优势特色明显，学术成绩卓著，拥有教育部重点学科16个，临床学科、口腔学科、基础学科、药学4个学科为国家“双一流”建设学科。学院拥有数十名两院院士和数名欧洲科学院、美国科学院等国际机构的外籍院士，在多项学科综合排名中均位列全国医学院校首位。在美国《新闻与世界报道》2022年的高校学科排名中，上海交通大学临床医学世界排名第84位。医学院附属的瑞金医院、仁济医院、新华医院、第九人民医院、上海儿童医学中心等13家医疗机构拥有顶尖的医疗实力和科研实力。《上海交通大学学报(医学版)》拥有上海交大医学院系统丰厚的学术资源，与上海交通大学医学院及其附属医院的顶尖学术团队有着广泛而深入的合作，在组稿、审稿、编辑、顾问等方面获得了大量高水平的支持。
《上海交通大学学报(医学版)》主编为原上海交通大学副校长、中国科学院院士陈国强教授。编委会成员黄荷凤教授来自复旦大学附属妇产科医院，中国科学院院士、发展中国家科学院院士、英国皇家妇产科学院荣誉院士，浙江大学特聘教授、香港大学荣誉教授、澳大利亚阿德莱德大学客座教授；郑志杰教授为美籍华人，现任比尔及梅琳达盖茨基金会驻华首席代表以及北京大学医学部兼职教授，曾先后担任美国肯塔基大学医学院医学系心内科学系和预防医学系助理教授，美国联邦疾病控制预防中心心脑血管病预防部主任流行病学专家，美国国立卫生研究院国家心肺血液病研究所教授等职；原上海健康医学院院长黄钢教授为亚洲大洋洲核医学与生物学联盟（AOFNMB）主席，这是中国核医学专家首次在核医学领域的知名国际常设组织中担任重要职务。高水平的编委会成员为本刊的建设提供了宝贵的指导性意见，在期刊的选题策划、质量把控等方面发挥着难以替代的作用。
《上海交通大学学报(医学版)》为开放获取期刊，实施双盲评审制度，所有稿件均经过至少2名专家的评审，约80%的稿件是自由投稿。本刊的运营费用来自于上级拨款、版面费、纸质期刊订阅费等收入。本刊不刊登商业广告。本刊在国内各地邮局均可订阅。邮发代号：国内 4-338。
本刊为CSCD来源期刊核心期刊、中文核心期刊、中国科技核心期刊，获评中国高校百佳科技期刊、华东地区优秀科技期刊、上海市精品科技期刊，主要被以下著名数据库收录：
国外收录
荷兰《文摘与引文数据库》（Scopus）
美国《化学文摘》（CA）
荷兰《医学文摘》（EMBASE）
美国《剑桥科学文摘（自然科学）》（CSA:NS）
日本科学技术振兴机构中国文献数据库（JSTChina）
俄罗斯《文摘杂志》（AJ）
瑞典《开放存取期刊目录》（DOAJ）
《中文核心期刊要目总览》
中国科学引文数据库（CSCD）核心期刊
中国科技论文与引文数据库(CSTPCD)统计源期刊(中国科技核心期刊)
《中国学术期刊评价研究报告》(RCCSE)核心期刊
中国生物医学文献数据库（SinoMed）
中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）