上海交通大学学报(医学版), 2023, 43(2): 237-243 doi: 10.3969/j.issn.1674-8115.2023.02.014

综述

表观遗传修饰与环状RNA在结直肠癌中相互作用的研究进展

彭恬,, 徐雷鸣,

上海交通大学医学院附属新华医院消化内科,上海 200082

Crosstalk between epigenetic modification and circRNA in colorectal cancer: recent advances

PENG Tian,, XU Leiming,

Department of Gastroenterology, Xinhua Hospital, Shanghai Jiao Tong University School of Medicine, Shanghai 200082, China

通讯作者: 徐雷鸣,电子信箱:xuleiming@xinhuamed.com.cn

编委: 瞿麟平

收稿日期: 2022-08-14   接受日期: 2023-02-20   网络出版日期: 2023-02-28

基金资助: 国家自然科学基金面上项目.  82172737

Corresponding authors: XU Leiming, E-mail:xuleiming@xinhuamed.com.cn.

Received: 2022-08-14   Accepted: 2023-02-20   Online: 2023-02-28

作者简介 About authors

彭恬(1999—),女,硕士;电子信箱:pengtian0506@163.com。 E-mail:pengtian0506@163.com

摘要

结直肠癌(colorectal cancer,CRC)是全球第三大常见的恶性肿瘤,目前针对该病的诊断和治疗方法都存在局限性。既往的研究表明,表观遗传修饰在结直肠癌的进展中发挥了重要作用。表观遗传修饰是指基因功能在DNA序列不变的情况下发生了可遗传的变化,导致相似DNA的细胞最终发育成具有不同功能的细胞,其中主要包括DNA/RNA甲基化修饰、组蛋白修饰、非编码RNA转录后调控等。环状RNA(circular RNA,circRNA)是非编码RNA中的一种具有稳定环状结构的RNA分子,广泛存在于多种细胞中,且可以通过多种通路影响肿瘤的进展。目前许多研究表明表观遗传修饰可以影响circRNA的生物学功能,而circRNA也能通过靶向表观遗传修饰相关分子参与结直肠癌的进展。其中,研究发现一方面N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)可以直接影响circRNA的生成、翻译及功能,另一方面circRNA也可以调控m6A修饰及其调节因子,从而影响疾病的发生发展及转移。DNA甲基化和组蛋白修饰也与circRNA有潜在的相互作用。该文描述了表观遗传修饰与circRNA在结直肠癌中的相互作用,以及它们在癌症发展中的作用,并提出了它们在诊断与治疗中的潜在应用和未来研究方向。

关键词: 环状RNA ; 结直肠癌 ; N6-甲基腺苷 ; DNA甲基化 ; 组蛋白修饰

Abstract

Colorectal cancer (CRC) is generally regarded as the third frequent malignancy worldwide, while current diagnosis and treatment of the disease are limited. The previous studies of CRC revealed that epigenetic modification plays a crucial role in the progression of CRC. Epigenetic modification is identified as heritable changes in gene functions that occur without changing the DNA sequence, resulting in cells with similar DNA eventually developing into different types with different functions, which encompasses DNA/RNA methylation, histone modification, and non-coding RNA regulation. Circular RNA (circRNA), a kind of non-coding RNA that forms a covalently closed loop, is widely present in various cells which drive initiation and progression of cancers through multiple pathways. The emerging data show that epigenetic modification may affect the biological functions of circRNA, while circRNA can also participate in the progression of CRC by targeting molecules related to epigenetic modification. N6-methyladenosine (m6A) has been found to directly promote production, translation, and functions of circRNA on the one hand, and interact with circRNA on the other hand, thereby altering onset, progression, and metastasis of the disease. DNA methylation and histone modification have also been observed to have potential interaction with circRNA. This review provides a brief overview about the association between current epigenetic modifications and circRNA, and the significant role they may play in the progression of CRC, and also outlines the potential applications to diagnosis and treatment, and the research direction in the future.

Keywords: circular RNA (circRNA) ; colorectal cancer (CRC) ; N6‑methyladenosine (m6A) ; DNA methylation ; histone modification

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本文引用格式

彭恬, 徐雷鸣. 表观遗传修饰与环状RNA在结直肠癌中相互作用的研究进展. 上海交通大学学报(医学版)[J], 2023, 43(2): 237-243 doi:10.3969/j.issn.1674-8115.2023.02.014

PENG Tian, XU Leiming. Crosstalk between epigenetic modification and circRNA in colorectal cancer: recent advances. Journal of Shanghai Jiao Tong University (Medical Science)[J], 2023, 43(2): 237-243 doi:10.3969/j.issn.1674-8115.2023.02.014

结直肠癌是一种常见的消化道肿瘤。虽然过去10年对于该病的诊断与治疗手段有了较大进步,但晚期患者的预后情况依然不容乐观,临床上仍然需要更有效的早期诊断及治疗方法。因此,进一步阐明结直肠癌发生发展的分子机制十分重要。已有的研究1表明,表观遗传改变是结直肠癌发病及进展的重要影响因素。表观遗传修饰是指基因功能在DNA序列不改变的情况下发生了可遗传的变化,并最终导致了表型改变2。大量研究表明,各种表观遗传修饰均在结直肠癌的侵袭、转移、进展中发挥着重要作用,其中的DNA甲基化和组蛋白修饰最早被研究且研究较为深入,已有大量的相关诊断及治疗靶点被发现。N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)修饰是真核生物RNA中最丰富的修饰,被发现与多种癌症相关。有证据3表明m6A修饰及其调节因子在结直肠癌中表达失调,广泛影响疾病的基因表达,并通过靶向不同类型RNA及各种信号通路在疾病中发挥着致癌/抗癌的功能。

环状RNA(circular RNA,circRNA)是一类广泛存在于转录组中的首尾共价闭合环化形成的环状RNA分子,常见的生物学功能包括充当miRNA海绵、与RNA结合蛋白相互作用、充当RNA剪接因子、调节核转录等4。在许多研究5-10中,circRNA被鉴定为癌基因或者抑癌基因,参与结直肠癌的发生、发展、转移、放射治疗和化学治疗抵抗等。

研究发现各种表观遗传修饰与circRNA均存在相互作用:一方面表观遗传修饰直接靶向circRNA,影响circRNA的生成、翻译及功能;另一方面circRNA也可以通过靶向表观遗传修饰及其调节分子参与结直肠癌的进程,影响疾病进展11。但是目前两者在结直肠癌中的作用还没有得到全面的阐述,因此在本文中,我们总结了circRNA与表观遗传修饰在结直肠癌中的相互作用,并讨论了相关分子未来用于诊断及治疗的临床潜力。

1 circRNA与m6A修饰在结直肠癌中的相互作用

m6A指RNA分子上腺嘌呤第6位氮原子上发生甲基化修饰,该过程动态且可逆,主要由m6A WER(writer, eraser, reader)介导12。其中“写入”蛋白(writer)指甲基转移酶,“擦除”蛋白(eraser)为去甲基化酶,两者对目标基因的调节决定了过程最终的效应;“读取”蛋白(reader)指的是RNA结合蛋白,可以特异性识别RNA甲基化,随后执行不同的生物学功能,包括调节RNA翻译、剪接、储存、运输和降解,以及动态调节生理和病理过程13-16。研究17发现m6A修饰在circRNA中广泛存在,并对其有重要调控作用,两者间的作用可能在不同类型细胞中调节不同的生物学过程。随着结直肠癌中m6A修饰与circRNA的相互作用研究成果的逐渐积累,该领域也逐渐引起了人们重视。

1.1 m6A修饰启动circRNA翻译

研究已经证明某些circRNA具有翻译成蛋白质的潜能。由于缺乏5'帽端和3'末端的环状结构,circRNA具有独特的翻译机制,其中一种机制仅需单个m6A位点即可启动,过程中需要借助起始因子eIF4G2(eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 2)和m6A结合蛋白YTHDF3(YTH N6-methyladenosine RNA binding protein F3)18。由此编码的蛋白质在多种消化系统肿瘤中调节多种病理生理过程,影响疾病进程19。例如,LI等20发现肝癌和结直肠癌样本中一种来自抑癌基因ARHGAP35(Rho GTPase activating protein 35)的circRNA通过m6A修饰依赖的方式被翻译成致癌蛋白,该蛋白增加了癌细胞系的迁移和侵袭能力;这一研究表明癌细胞系可以在没有遗传和表观遗传畸变的情况下产生癌基因,揭示了circRNA激活癌基因的新机制,而m6A位点在其中发挥着重要作用。这一翻译功能的发现显著丰富了基因组学和蛋白质组学,扩展了目前在结直肠癌发病机制中有关circRNA激活癌基因的知识以及癌症转录组的复杂性,为结直肠癌的诊断和治疗提供了新的视角。

1.2 m6A修饰影响circRNA表达

m6A修饰可以诱导circRNA表达,进而通过下游靶分子影响结直肠癌进展过程。YAP(Yes1 associated transcriptional regulator)是Hippo通路下游的关键效应蛋白,其信号的失调被认为与肠道肿瘤进展密切相关21。最近CHEN等22研究发现甲基转移酶3(methyltransferase like 3,METTL3)通过增加circ1662侧翼序列中m6A修饰的水平,诱导其表达,并与YAPI结合,最终促进结直肠癌细胞的侵袭、迁移和上皮-间质转换(epithelial-mesenchymal transition,EMT)。METTL3是核心RNA甲基转移酶,作为m6A调节因子催化m6A的形成。近些年的研究23显示其通过这一作用在多种癌症中充当癌基因或者肿瘤抑制因子,并通过多种下游机制参与包括结直肠癌在内的疾病进程。尤其是已经有多项研究证明了METTL3可以作用于mRNA、miRNA、lncRNA,从而诱导结直肠癌细胞的增殖,促进肿瘤的生长和转移。而CHEN等22的研究又揭示了一种新的作用机制:METTL3通过靶向circRNA侧翼序列中的m6A修饰诱导其表达,最终介导疾病的进展。

除了诱导表达,m6A修饰还可以调节circRNA的降解。由于闭合环状的结构,circRNA明显较线性RNA更为稳定,也因此更不容易被降解24。以往的研究大多都聚焦于m6A修饰影响mRNA的降解,而很少有研究报道m6A修饰对circRNA降解的影响25。一项研究26中,PARK等提出YTHDF2可以靶向circRNA中的m6A修饰,从而介导RNA酶(RNase)对RNA的切割降解,这表明m6A可能在circRNA的降解中发挥重要作用。而最近这一机制也在结直肠癌的相关研究中被发现。GUO等6发现circ3823在结直肠癌中作为miRNA海绵减弱了miR-30c-5p对转录因子7(transcription factor 7,TCF7)的抑制,TCF7是Wnt通路的关键转录效应子,circ3823的这一作用最终促进了结直肠癌生长、转移,以及血管生成。此外,研究人员还提出假设,结直肠癌中m6A结合蛋白YTHDF3和m6A去甲基酶ALKBH5(alkB homolog 5),与YTHDF2协同作用促进circ3823的降解;该过程中m6A通过靶向circRNA影响下游分子,参与结直肠癌的生长、转移、血管生成等过程。该研究还提出了circRNA作为诊断性生物标志物的潜力,特别是在液体活检中的高敏感性和高特异性。

1.3 circRNA通过m6A修饰发挥生物学功能

circRNA最经典的功能是作为竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA),充当miRNA海绵,结合特定的miRNA以调控其活性27。而最近发现m6A修饰可以增强circRNA与miRNA的结合作用,进而影响结直肠癌的进展。LIN等28发现YTHDF1通过结合m6A修饰的circALG1调节其与靶分子miR-342-5p的结合作用,最终调控肿瘤的转移,但具体机制还有待进一步研究;由此推测存在一种m6A影响circRNA的ceRNA功能的新机制。此外,研究人员结合实验结果还提出了一个假设,即ALG1(ALG1 chitobiosyldiphosphodolichol β-mannosyltransferase)的前体RNA(pre-mRNA)上的m6A修饰也许能促进circALG1剪接,从而上调其表达,这可能是一种尚未发现的作用机制。

通常来说,circRNA是在细胞核中由线性mRNA剪切产生的产物,但许多circRNA却被发现在细胞质中发挥作用,这表明circRNA的功能可能与其亚细胞定位有关;而研究发现m6A修饰在circRNA核输出这一过程中发挥着重要作用。CHEN等29发现了一种结直肠癌转移到肝脏的新机制,其中YTHDC1介导m6A修饰的circNSUN2从细胞核输出至细胞质,随即结合胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白2(insulin like growth factor 2 mRNA binding protein 2,IGF2BP2)形成三元复合物稳定HMGA2(high mobility group AT-hook 2) mRNA,最终促进了结直肠癌的肝转移。IGF2BP2是一种RNA结合蛋白;而HMGA2是肿瘤转移的驱动因素,并且早已被报道与结直肠癌的分期和转移相关。这项研究发现了circNSUN2类似mRNA的核输出机制,并强调了m6A修饰在这一过程中发挥的重要作用,是第一个揭示m6A修饰介导circRNA核输出的重要证据,表明了m6A修饰可以作为circRNA代谢的潜在选择性信号。此外,该研究还强调了YTHDC1在其中的重要作用,支持了既往人们提出的YTHDC1影响甲基化circRNA核输出的假设。

circRNA还被发现可以通过m6A修饰调控癌基因mRNA的表达。LIU等7发现一种内含子衍生的circRNA(circMYH9)在细胞核中招募m6A结合蛋白HNRNPA2B1(heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2/B1),后者结合肿瘤抑制基因p53前体mRNA上的m6A位点,进而抑制了其mRNA的表达,该p53依赖性的作用通过下游通路促进了结直肠癌的增殖表型。m6A修饰在其中发挥着类似RNA结构开关的作用,调节蛋白质与RNA间的作用。通过这一机制circRNA可以影响癌基因表达,进而在结直肠癌进展中发挥作用。p53作为一个经典的肿瘤抑制基因,主要作用是防止细胞的恶性转化,而结直肠癌患者中约有50%的患者发生了p53突变。该研究发现circMYH9可以通过m6A修饰显著促进p53野生型细胞的增殖表型,揭示了两者作用的新靶标,为监测和治疗疾病提供了新的理论知识。

1.4 circRNA通过调控m6A修饰调节因子发挥作用

与m6A修饰调控circRNA作用相反,circRNA也可以调控m6A修饰及其调节因子,从而影响结直肠癌中的下游靶基因,进而影响疾病进展。YTHDF1是m6A修饰的调节因子,被发现在结直肠癌中高表达,并通过下游通路影响结直肠癌细胞的致瘤性和干细胞样活性30。一项研究31证明了YTHDF1在结直肠癌中可以被上游的circRNA和miRNA调控,其中circRNA充当ceRNA,降低其下游靶向YTHDF1的miRNA丰度,最终抑制结直肠癌增殖、迁移、侵袭和化学耐药的表型。IGF2BP2也是m6A修饰的调节因子,常被发现在结直肠癌中作为circRNA的下游分子发挥作用,影响疾病发展。YAO等32发现circEZH2一方面阻止IGF2BP2降解,另一方面作为miRNA海绵促进IGF2BP2翻译,致其蛋白水平上调,从而增强了cAMP反应元件结合蛋白1(cAMP responsive element binding protein 1,CREB1)mRNA的稳定性,最终促进结直肠癌进展。该研究表明了circRNA可以通过影响m6A的调节因子改变下游基因mRNA的稳定性,从而在结直肠癌的进展中发挥重要作用。虽然文章均提及了m6A修饰发挥作用的可能性,但遗憾的是,2项研究都没有论证circRNA通过m6A调节因子发挥作用的下游机制。

2 circRNA与DNA甲基化在结直肠癌中的相互作用

DNA甲基化(DNA methylation)指直接对DNA进行化学修饰,其中的底物主要为CpG序列,即CG二核苷酸序列33。甲基化的基本过程是DNA甲基转移酶(DNA methyltransferase,DNMT)家族蛋白将甲基从S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosyl methionine,SAM)转移到胞嘧啶残基的第5个碳上34。异常的DNA甲基化状态在肿瘤中普遍存在,并且是肿瘤的重要特征之一35。目前,已经有研究36表明circRNA在肿瘤中的表达受到DNA甲基化的调控。而MAO等37发现circRNA可能通过DNA甲基化影响结直肠癌的进展;研究发现,一种在结直肠癌中高表达的circRNA充当ceRNA靶向miR-515-5p,其下游靶点是DNMT1,最终促进结直肠癌细胞增殖和迁移,抑制细胞凋亡。DNMT1是DNA甲基化中重要的甲基转移酶之一,以往的研究38已经证明其与结直肠癌细胞的增殖、迁移、侵袭等密切相关。而MAO等37的研究中,circRNA通过miRNA间接增加了下游DNMT1的表达,提示circRNA可作为上游调节因子通过DNMT调控结直肠癌细胞增殖迁移。虽然目前的大多数研究集中于circRNA间接通过DNA甲基化调控疾病,但一项关于乳腺癌中DNA甲基化和circRNA相互作用的研究39表明,circRNA宿主基因的DNA甲基化可能会影响其作为miRNA海绵的功能,进而间接调节miRNA靶基因的表达。此外,另一项与乳腺癌相关的研究40表明,癌基因FLI1(friend leukemia virus integration 1)与其外显子circRNA FECR1相互作用,通过正反馈机制,募集去甲基化酶介导启动子CpG岛的去甲基化激活FLI1,同时还能下调DNMT1的转录,最终促进肿瘤的转移。ZHANG等41也发现了与此类似的机制,在结直肠癌中表达升高的circ_0084615可通过海绵化miR-599,降低其表达,促进肿瘤细胞增殖、迁移和侵袭;而DNMT3A是miR-599的下游靶标,可能在其中发挥作用,但作者并未证明circ_0084615的促肿瘤作用与DNMT3A的直接联系。和DNMT1一样,DNMT3A也是DNMT家族的成员,在许多恶性疾病中被报道表达异常,并与癌症的进展有关。

这些研究揭示了circRNA与DNA甲基化之间的潜在作用:一方面circRNA可以影响DNMT,进而介导肿瘤细胞的增殖、迁移等;另一方面circRNA通过协调参与肿瘤生长的靶基因中的DNA甲基化和去甲基化,最终调节疾病的进展。提示结直肠癌中存在DNA甲基化与circRNA的相互作用网,两者之间的相互作用可能可以作为该病治疗干预措施的潜在靶点。

3 circRNA与组蛋白修饰在结直肠癌中的相互作用

组蛋白修饰主要发生在组蛋白的N端,常见的包括乙酰化、甲基化、磷酸化、泛素化、ADP核糖基化、苏木化、去氨基化等42。目前已经发现一些circRNA可以在疾病中调节组蛋白修饰。EZH2(enhancer of zeste 2 polycomb repressive complex 2 subunit)是一种组蛋白赖氨酸甲基转移酶,通过对组蛋白的翻译后修饰以调节染色质结构,促进转录沉默43。WANG等44的研究发现,结直肠癌中的一种circRNA通过海绵化miR-600来上调EZH2表达,从而间接调节组蛋白甲基化;该研究提出了circRNA通过参与组蛋白修饰以影响基因表观遗传状态,进而影响疾病进程的机制。而另一项研究45发现,一种来自组蛋白甲基转移酶NSD2(nuclear receptor binding SET domain protein 2)基因的circRNA在结直肠癌的肝转移发展中发挥重要作用;该circRNA充当miRNA海绵影响后续通路而促进结直肠癌的迁移、侵袭和转移,提示circRNA通过影响组蛋白修饰的调节分子进一步调控疾病的潜在可能。

4 结语

越来越多观点认为表观遗传改变在结直肠癌发生和发展中发挥重要作用。随着高通量测序技术和生物信息学分析技术的高速发展,结直肠癌中circRNA与表观遗传修饰之间的相互作用网络日臻清晰。在多种表观遗传修饰中,m6A修饰占据了主要地位,m6A修饰可能是circRNA发挥功能的重要调控机制,两者间的潜在作用影响结直肠癌的进展,对结直肠癌的诊断、治疗和预后有重要意义。此外,结直肠癌中circRNA调节DNA甲基化和组蛋白修饰的研究也逐渐增多,暗示了circRNA与表观遗传修饰间的更多可能性。随着生物技术的持续进步与更广泛的应用,越来越多表观遗传修饰与circRNA在结直肠癌中的作用将会被发现。

目前部分相关circRNA因其在结直肠癌中的异常表达、强稳定性和长半衰期已被提议作为该病诊断与预后的生物标志物,未来的治疗策略将可能聚焦于直接调节疾病相关circRNA或开展circRNA工程46。除此以外,表观遗传修饰在结直肠癌中的临床应用潜力也被逐渐发现。已有研究47在胃癌患者中发现外周血中RNA的m6A修饰水平升高,联合该指标可以提升传统肿瘤标志物的诊断价值,一些m6A去甲基化酶可能成为肿瘤治疗的靶点。结直肠癌中,m6A修饰的circRNA表达谱是否能用于肿瘤分类、分期或分级将是新的研究方向。DNA甲基化和组蛋白修饰则早已有了相关的应用研究:例如血液中SEPT9(septin 9)基因的甲基化检测已经成为了结直肠癌的体外诊断方法48,某些组蛋白甲基化标志物则被证明与各种临床病理特征相关,但这些指标与circRNA之间的关系尚未被发现。虽然目前circRNA和表观遗传修饰之间的关系仍有许多未知,但是已有的研究结果已经展示了两者间的关系在疾病中的重要作用。表观遗传修饰提供了一种连接circRNA与结直肠癌的中间机制,这将极大扩展我们对circRNA的理解与应用。

近年来,针对结直肠癌中circRNA与表观遗传修饰相互作用的研究才刚刚起步,多个研究热点有待进一步的探索,例如开发简单易操作的检测circRNA序列中m6A位点甲基化水平的方法、更全面地探索表观遗传修饰相关的circRNA在结直肠癌中的调控机制、探究样本活检中m6A修饰的circRNA在生物标志物方面的应用潜力。相信随着后续研究成果的不断积累,结直肠癌的早期诊断与有效治疗将会出现更多的可能性。

作者贡献声明

彭恬负责相关文献的查阅与整理,徐雷鸣负责文章思路指导,彭恬和徐雷鸣参与了论文的写作和修改。两位作者均阅读并同意了最终稿件的提交。

AUTHOR's CONTRIBUTIONS

The review and collation of relevant articles was completed by PENG Tian. The idea of the paper was guided by XU Leiming. The manuscript was drafted and revised by PENG Tian and XU Leiming. Both authors have read and agreed to the submission of the final manuscript.

利益冲突声明

所有作者声明不存在利益冲突。

COMPETING INTERESTS

Both authors disclose no relevant conflict of interests.

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