《上海交通大学学报(医学版)》(原《上海第二医科大学学报》)为医药卫生类综合性学术期刊，由上海交通大学主办，创刊于1958年，月刊，每月28日出版，国内外公开发行，其所有文章一经刊出均对读者免费开放。本刊以引导科技发展，培养学术人才，增进学术交流为办刊宗旨。刊登医学基础、临床、公共卫生等领域所取得的新成果、新理论、新技术、新经验；设有论著、综述、专题、专家论坛、述评、短篇论著、技术与方法、病例报告等栏目。本刊的目标读者是从事临床医学、基础医学、公共卫生、护理学、药学等专业的技术人员，包括临床医师、科研学者、教学工作者、医学在校生及相关人士。
《上海交通大学学报(医学版)》的主办单位上海交通大学拥有中国顶尖的医学院，师资力量雄厚，优势特色明显，学术成绩卓著，拥有教育部重点学科16个，临床学科、口腔学科、基础学科、药学4个学科为国家“双一流”建设学科。学院拥有数十名两院院士和数名欧洲科学院、美国科学院等国际机构的外籍院士，在多项学科综合排名中均位列全国医学院校首位。在美国《新闻与世界报道》2022年的高校学科排名中，上海交通大学临床医学世界排名第84位。医学院附属的瑞金医院、仁济医院、新华医院、第九人民医院、上海儿童医学中心等13家医疗机构拥有顶尖的医疗实力和科研实力。《上海交通大学学报(医学版)》拥有上海交大医学院系统丰厚的学术资源，与上海交通大学医学院及其附属医院的顶尖学术团队有着广泛而深入的合作，在组稿、审稿、编辑、顾问等方面获得了大量高水平的支持。
《上海交通大学学报(医学版)》主编为上海交通大学副校长、上海交通大学医学院院长、中国工程院院士范先群教授。执行主编由上海交通大学医学院副院长郑俊克教授担任。副主编团队由附属瑞金医院院长、中国工程院院士宁光教授，附属仁济医院院长、中国工程院院士夏强教授，基础医学院院长、中国科学院院士李劲松教授，附属第九人民医院院长吴皓教授，附属新华医院院长孙锟教授，附属第六人民医院院长殷善开教授，附属第一人民医院院长郑兴东教授，口腔医学院院长蒋欣泉教授，《上海交通大学学报（医学版）》编辑部叶娟英主任和曹智勇编审等10位专家组成，具备医学领域深厚的学术背景和丰富的编委经验，涵盖临床医学、基础医学等多个专业领域，确保学报内容的全面性和专业性。顾问编委邀请到了高福院士、蒲慕明院士、顾玉东院士、陈赛娟院士、王红阳院士、曾溢滔院士、段树民院士、谭蔚泓院士、贾伟平院士、管轶院长、王一飞教授和朱正纲教授担任。第九届编委会的组建实现了重大突破，编委委员由来自复旦大学医学院及附属医院、北京大学医学部、中科院、中国医学科学院等国内顶尖医学院校、科研机构及医院的17位校外编委专家和59位优秀校内编委专家组成。高水平的编委会成员为本刊的建设提供了宝贵的指导性意见，在期刊的选题策划、质量把控等方面发挥着难以替代的作用。
《上海交通大学学报(医学版)》为开放获取期刊，实施双盲评审制度，所有稿件均经过至少2名专家的评审，约80%的稿件是自由投稿。本刊的运营费用来自于上级拨款、版面费、纸质期刊订阅费等收入。本刊不刊登商业广告。本刊在国内各地邮局均可订阅。邮发代号：国内 4-338。
本刊为CSCD来源期刊核心期刊、中文核心期刊、中国科技核心期刊，获评中国高校百佳科技期刊、华东地区优秀科技期刊、上海市精品科技期刊，主要被以下著名数据库收录：
国外收录
荷兰《文摘与引文数据库》（Scopus）
美国《化学文摘》（CA）
荷兰《医学文摘》（EMBASE）
美国《剑桥科学文摘（自然科学）》（CSA:NS）
日本科学技术振兴机构中国文献数据库（JSTChina）
俄罗斯《文摘杂志》（AJ）
瑞典《开放存取期刊目录》（DOAJ）
《中文核心期刊要目总览》
中国科学引文数据库（CSCD）核心期刊
中国科技论文与引文数据库(CSTPCD)统计源期刊(中国科技核心期刊)
《中国学术期刊评价研究报告》(RCCSE)核心期刊
中国生物医学文献数据库（SinoMed）
中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）