目的·探究miRNA表达失调在SHH激活型髓母细胞瘤（sonic hedgehog-activated subtype medulloblastoma，SHH-MB）中的作用，并比较裸鼠皮下同种异体移植模型与实体瘤患者的失调miRNA的相关特征。方法·使用鼠源SHH-MB细胞系（SmoWT和SMB56）建立裸鼠皮下同种异体移植模型。每种模型被随机分为以平滑蛋白受体抑制剂（smoothened inhibitor，SMOi）GDC-0449灌胃处理的实验组、以二甲基亚砜（dimethyl sulfoxide，DMSO）灌胃的对照组，并收取这4组裸鼠的肿瘤样本。采集出生后7 d（P7）及60 d（P60）的正常裸鼠的小脑组织作为P7正常小脑、P60正常小脑组。参照肿瘤样本，收取GDC-0449灌胃处理的P7正常裸鼠的小脑组织（P7小脑给药组）以及DMSO灌胃处理的P7正常裸鼠的小脑组织（P7小脑对照组）。分别采用mRNA测序（mRNA sequencing，mRNA-seq）和miRNA测序（microRNA sequencing，miRNA-seq）获得以上8组样本的mRNA和miRNA表达数据并进行样本表达谱相关性分析。通过差异表达分析系统解析：① 鼠源SHH-MB模型的肿瘤核心转录组特征。② 正常小脑发育相关的转录组特征。③ 肿瘤及发育小脑中Hedgehog（Hh）通路依赖和非Hh通路依赖的转录组特征。利用miRDB、TargetScan与miRTarBase数据库并结合mRNA差异表达结果，预测关键差异miRNA的靶基因。通过京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）富集分析，解析靶基因涉及的核心信号通路。针对在P7发育小脑中鉴定到的Hh通路依赖的miR-204-5p，进行靶基因预测与靶基因KEGG通路富集分析。最后，搜集R2与基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus，GEO）中SHH-MB患者肿瘤及健康对照小脑的mRNA与miRNA表达数据，通过差异表达分析与韦恩分析评估差异表达miRNAs/mRNAs调控关系在人与小鼠之间的保守性。结果·样本mRNA表达谱相关性分析显示，SmoWT对照组与SMB56对照组的mRNA表达谱相似性较高；2个对照组与P7正常小脑组的相似性高于P60正常小脑组，而GDC-0449处理未显著改变这2个对照组的整体转录组特征。miRNA表达谱相关性分析结果与mRNA层面类似。SmoWT对照组、SMB56对照组与P7正常小脑、P60正常小脑组的差异表达分析鉴定出2个对照组中共同显著上调的95个miRNA、下调的126个miRNA；其中50个上调miRNA和38个下调miRNA在P7与P60正常小脑比较中同向表达。通过SmoWT实验组与SmoWT对照组、SMB56实验组与SMB56对照组的差异表达分析，鉴定出各模型中Hh通路与非Hh通路依赖的miRNA。韦恩分析显示，Hh通路依赖的miRNA（占差异miRNA总数的10%~20%）在模型间重叠极少；非Hh通路依赖的miRNA则在模型间高度保守。Hh通路依赖的差异表达miRNA的靶基因的KEGG通路富集结果显示，其富集于磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路（phosphoinositide 3-kinase/protein kinase B pathway，PI3K/AKT）、磷脂酶D（phospholipase D，PLD）、RAS/丝裂原活化蛋白激酶信号通路（RAS/mitogen-activated protein kinase pathway，RAS/MAPK）和DNA复制（DNA replication）通路。通过比较P7小脑给药组与P7小脑对照组，鉴定出P7小脑中7个Hh通路激活和1个Hh通路抑制的miRNA，285个Hh通路激活和72个Hh通路抑制的mRNA。miR-204-5p的靶基因富集于细胞周期通路。SHH-MB患者肿瘤与健康小脑对照样本的差异表达分析鉴定出22个人鼠保守的miRNA，其靶基因富集于环磷腺苷（cyclic adenosine monophosphate，cAMP）和细胞周期通路等。结论·鼠源SHH-MB模型表现出广泛的miRNA表达失调，但SMOi处理仅对其中小部分失调miRNA有逆转作用，提示Hh通路对miRNA失调的影响有限，并且仅有非Hh通路依赖的失调miRNA在2个鼠源模型之间表现出部分重叠。此外，SHH-MB鼠源模型与实体瘤患者来源的肿瘤有保守的失调miRNA特征。
