目的·探究人诱导多能干细胞（induced pluripotent stem cell，iPSC）来源的巨噬细胞（iPSC-derived macrophage，IPSDM）与人外周血来源的巨噬细胞（peripheral blood-derived macrophage，PBDM）的单细胞基因组学异质性。方法·利用无饲养层无血清方案体外诱导iPSC分化为IPSDM，通过流式细胞术及反转录实时荧光定量聚合酶链反应（real-time reverse transcription quantitative polymerase chain reaction，RT-qPCR）分别检测IPSDM表面白细胞分化抗原14（cluster of differentiation antigen 14，CD14）与单核-巨噬细胞标志基因的表达情况。随后对IPSDM进行单细胞测序，同时从基因表达综合数据库中下载单细胞测序数据集GSE126085作为PBDM参考数据集。通过R软件seurat包处理分析IPSDM与PBDM测序数据，利用singleR包注释PBDM。以PBDM的高变基因构建参考数据集，利用scmap包将IPSDM的高变基因投影于PBDM，根据高变基因的相似性推断IPSDM的细胞身份。随后参考细胞类型注释工具及相关研究完成对IPSDM的注释，并比较IPSDM和PBDM巨噬细胞标志基因的表达分布。最后，利用seurat包寻找IPSDM与PBDM的差异表达基因（differentially expressed gene，DEG），通过基因本体（Gene Ontology，GO）分析与京都基因和基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）通路富集分析探究DEG潜在的生物学功能。结果·体外诱导分化29 d后得到悬浮的IPSDM，经流式细胞术及RT-qPCR检测证实约23.1%的IPSDM表达CD14，且与U-937细胞系相比，IPSDM表达更高水平的单核-巨噬细胞标志基因。PBDM数据集中的细胞全部被注释为巨噬细胞，随后构建scmap参考数据集，将IPSDM的高变基因映射于PBDM参考数据集后发现59.8%的IPSDM可以依据PBDM的高变基因索引被注释为巨噬细胞，而余下40.2%的IPSDM细胞无法匹配PBDM的高变基因索引。进一步人工注释IPSDM发现其由97.15%巨噬细胞、2.71%造血前体细胞样细胞和0.14%树突状细胞组成。对IPSDM和PBDM的巨噬细胞标志物表达情况进行对比，发现两者均高表达典型的巨噬细胞标志物CD68基因，IPSDM还高表达组织驻留巨噬细胞相关的标志基因。对2种来源的巨噬细胞的DEG进行GO分析，发现分子功能主要富集于泛素样蛋白连接酶结合，细胞组分主要定位于核斑点和核膜，生物学过程主要富集于翻译调控；而KEGG通路富集分析的结果提示IPSDM与PBDM的DEG可能与多种胞内病原体感染相关。结论·人类IPSDM与PBDM在单细胞转录谱系上存在一定相似性及异质性，在转录组层面IPSDM更具有组织驻留巨噬细胞的特征，IPSDM与PBDM的差异基因可能与胞内感染免疫相关。
